無論作何種檢查，均應從低倍鏡開始。調焦時，先用粗動手輪將鏡筒下降，使低倍鏡的前透鏡與蓋玻片之間的距離略小于該物鏡的工作距離（5mm以下）。為了避免物鏡壓在標本玻片上，可從側面窺視。然后，一邊從目鏡中觀察視野，一邊利用粗動手輪將鏡筒徐徐上升，待初見物像后，改用微動手輪作精細調焦，直至物像清晰為至。低倍物鏡的視場大，有利于觀察標本的全貌。也可利用移動器或縱、橫向調節手輪尋覓所觀察的目標。如有必要，可將尋得的目標移至視場的中心，為高倍鏡觀察作好準備。

　　從低倍物鏡轉換為高倍物鏡時，如果物鏡是顯微鏡的原配，所用的載玻片、蓋玻片又符合標準，一般都可以進行“等高轉換”。即轉換后，只要稍微調節一下微調旋鈕，即可看到清晰的圖像。但油鏡不強求齊焦，先將鏡筒升高后再轉換，后按低倍鏡的調焦方法重新調焦。

　　使用油鏡的方法如下：先將鏡筒升高，取下標本玻片，稍稍降低聚光器，并在聚光器的鏡頭上滴兩滴香柏油，再將標本玻片放回原處，把聚光器升高，使載玻片的底面與香柏油接觸。這樣，就完成了聚光鏡的油浸。接著，在蓋玻片上滴上1滴香柏油。然后從側面窺視，利用粗調使鏡筒盡量下降，直至油鏡的前透鏡浸沒在香柏油中，這樣，又完成了物鏡的油浸。然后，一邊從目鏡中觀察，一邊利用微動手輪將鏡筒緩緩上升，直至視野中出現清晰的物像為止。

　　聚光鏡的油浸，還可以采用另一種滴油方法：即不直接把油滴在聚光器的鏡頭上，而是把載玻片翻過來，將油滴在載玻片的底面上，然后再翻過去，對準放置于聚光器上面，再使聚光器上升，來完成聚光器的油浸。這種方法雖然不那么順手，但比較安全。有些人使用玻璃棒直接與聚光鏡接觸來涂抹香柏油，這種方法容易劃傷鏡片，不宜采用。

　　在使用油鏡時，允許在聚光鏡與標本之間不加香柏油，即聚光鏡上仍以空氣為介質，但這會犧牲物鏡的分辨率。

　　如用油鏡觀察后，如又需要轉回高倍物鏡觀察，應將蓋玻片上的油擦去，以免沾污高倍物鏡。但聚光器上的油可以不擦，只要把光欄適當縮小一點即可。

　　油鏡使用完畢后，要及時將香柏油擦拭干凈。鏡頭上可先用干凈的擦鏡紙擦1-2次，把大部分的油擦掉。然后用二甲苯滴濕的擦鏡紙擦兩次，后用擦鏡紙擦干凈即行。聚光鏡的擦拭方法與此相同。如標本需要保存，玻片上的香柏油可用“拉紙法”擦拭干凈。即將擦鏡紙復蓋在玻片上，在紙上滴上一滴二甲苯，趁濕將紙條平拖著往外拉，連續幾次即可擦干凈。

　　電光源生物顯微鏡在整個調焦過程中（尤其是高倍物鏡和油鏡的調焦），每個動作都要緩慢進行。否則，物像會一閃而過，找不到觀察的目標。